Le village était anciennement appelé Savigna-lez-Ugna. Le nom viendrait de l’anthroponyme latin Sabinus et du suffixe -i-acum d’origine gauloise (désignant l’appartenance d’un domaine à un homme).
La première mention connue de l’existence du village date du XIIIe siècle. Il fut séparé de la seigneurie de Nancuise au XVIIIe siècle.
Les communes de Givria et Ugna ont été unies à Savigna respectivement en 1822 et 1823.
Le , un groupe de résistance attaque une colonne allemande sur la route entre Orgelet et Arinthod. En représailles, le village d’Ugna est brûlé. Il sera reconstruit après la Guerre.